Minyak atsiri bersifat volatil sehingga rentan terhadap suhu tinggi, oksidasi, sinar UV dan kelembapan, sehingga diperlukan solusi untuk mengatasi permasalahan tersebut. Salah satu teknologi yang dapat digunakan adalah enkapsulasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh jenis minyak atsiri dan perbandingan bahan penyalut kitosan-STPP dengan metode gelasi ionik terhadap karakteristik mikrokapsul yang meliputi efisiensi enkapsulasi, karakteristik gugus fungsi, ukuran partikel, distribusi ukuran partikel (indeks polidispersitas), zeta potensial, dan profil morfologi. Penelitian menggunakan Rancangan Acak Kelompok (RAK) faktorial, faktor pertama adalah jenis minyak atsiri (M) yaitu M1=Minyak Nilam, M2=Minyak Pala dan M3=Minyak Sereh Wangi. Faktor kedua adalah perbandingan larutan kitosan-STPP : minyak atsiri (P) yaitu P1=1:1, P2=1:2 dan P3=1:3. Pengulangan dilakukan sebanyak 3 kali, untuk mengetahui perbedaan pengaruh perlakuan maka dilakukan pengujian dengan Analysis of Variance (Anova) dan dilanjutkan dengan uji Beda Nyata Terkecil (BNT) pada taraf kesalahan 25%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa faktor perbandingan larutan kitosan-STPP : minyak atsiri (P) berpengaruh nyata terhadap efisiensi enkapsulasi. Uji BNT_0,25 menunjukkan nilai efisiensi enkapsulasi mikrokapsul dengan perbandingan kitosan-STPP : minyak atsiri 1:3 (89,5%) dan 1:2 (86,97%) lebih tinggi dan berbeda nyata dengan mikrokapsul perbandingan kitosan-STPP : minyak atsiri 1:1 (81,77%). Hasil FTIR menunjukkan bahwa ketiga jenis minyak atsiri memiliki gugus fungsi N-H amina dan gugus fungsi C=C ester. Mikrokapsul yang memiliki karakteristik terbaik adalah minyak nilam dengan perbandingan kitosan-STPP : minyak atsiri 1:3 (M1P3), memiliki nilai efisiensi enkapsulasi 93,13%, ukuran partikel 294,4 nm,  indeks polidispersitas 0,498, zeta potensial -58,7, morfologi partikel berbentuk bulat, tidak berpori dan memiliki permukaan yang halus.